Commit a154add2 authored by eric pellegrini's avatar eric pellegrini

Added MDANSE functional tests for all analysis

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#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['axis_selection'] = {'endpoint1': ('OW',), 'endpoint2': ('HW',), 'molecule': 'Water'}
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['per_axis'] = False
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['ac'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['axis'] = ['a', 'b']
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['name'] = 'DMPC'
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/dmpc_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
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job = REGISTRY['job']['apm'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['btt'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['castep_file'] = '../../../Data/Trajectories/CASTEP/PBAnew.md'
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['castep'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
parameters['normalize'] = False
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'b_coherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
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job = REGISTRY['job']['ccf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
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# Job parameters #
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parameters = {}
parameters['dcd_file'] = '../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.dcd'
parameters['fold'] = False
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['pdb_file'] = '../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.pdb'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['charmm'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['r_values'] = (0, 10, 1)
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
################################################################
# Setup and run the analysis #
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job = REGISTRY['job']['cn'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 1, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['comt'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['ct'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_charges'] = {0: 0.5, 1: 1.2, 2: -0.2}
parameters['atom_selection'] = 'atom_index 0,1,2'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dacf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'b_coherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dcsf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['den'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['his_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['xtd_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['discover'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['projection'] = None
parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'b_incoherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['disf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_aliases'] = {}
parameters['field_file'] = '../../../Data/Trajectories/DL_Poly/FIELD_cumen'
parameters['history_file'] = '../../../Data/Trajectories/DL_Poly/HISTORY_cumen'
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['version'] = '2'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dl_poly'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['his_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['xtd_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dmol'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
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# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['atom_transmutation'] = None
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
parameters['interpolation_order'] = 'no interpolation'
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['projection'] = None
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['weights'] = 'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dos'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['axis'] = 'c'
parameters['dr'] = 0.01
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['dp'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['center_of_mass'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['weights'] = 'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['ecc'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['projection'] = None
parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'b_incoherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['eisf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['trj_file'] = '../../../Data/Trajectories/Forcite/nylon66_rho100_500K_v300K.trj'
parameters['xtd_file'] = '../../../Data/Trajectories/Forcite/nylon66_rho100_500K_v300K.xtd'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['forcite'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['normalize'] = False
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['trajectory_variable'] = 'velocities'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['gacf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['grouping_level'] = 'atom'
parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['projection'] = None
parameters['q_shells'] = (0, 10, 1)
parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters['transmutated_atoms'] = None
parameters['weights'] = 'b_incoherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['gdisf'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['gt_file'] = '../../../Data/Trajectories/Generic/test.gtf'
parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['generic'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from MDANSE import REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters = {}
parameters['atom_selection'] = 'all'
parameters['contiguous'] = False
parameters['frames'] = (0, 10, 1)
parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
parameters['reference_selection'] = 'all'
parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job = REGISTRY['job']['gmft'](status=False)
job.run(parameters)
\ No newline at end of file