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MDANSE
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a154add2
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a154add2
authored
Jun 10, 2015
by
eric pellegrini
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Added MDANSE functional tests for all analysis
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c1a5772d
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51
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Extensions/mic_fast_calc.cpp
0 → 100644
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a154add2
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Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ac.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'axis_selection'
]
=
{
'endpoint1'
:
(
'OW'
,),
'endpoint2'
:
(
'HW'
,),
'molecule'
:
'Water'
}
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'per_axis'
]
=
False
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'ac'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_apm.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'axis'
]
=
[
'a'
,
'b'
]
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'name'
]
=
'DMPC'
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/dmpc_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'apm'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_btt.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'btt'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_castep.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'castep_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/CASTEP/PBAnew.md'
parameters
[
'output_file'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'castep'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ccf.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'instrument_resolution'
]
=
(
'gaussian'
,
{
'mu'
:
0.0
,
'sigma'
:
10.0
})
parameters
[
'normalize'
]
=
False
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'q_vectors'
]
=
(
'spherical_lattice'
,
{
'width'
:
0.1
,
'n_vectors'
:
50
,
'shells'
:
(
0
,
5
,
0.1
)})
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'transmutated_atoms'
]
=
None
parameters
[
'weights'
]
=
'b_coherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'ccf'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_charmm.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'dcd_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.dcd'
parameters
[
'fold'
]
=
False
parameters
[
'output_file'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'pdb_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.pdb'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'charmm'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_cn.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'r_values'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'transmutated_atoms'
]
=
None
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'cn'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_comt.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
1
,
1
)
parameters
[
'grouping_level'
]
=
'atom'
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'comt'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ct.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'ct'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dacf.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_charges'
]
=
{
0
:
0.5
,
1
:
1.2
,
2
:
-
0.2
}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'atom_index 0,1,2'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dacf'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dcsf.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'instrument_resolution'
]
=
(
'gaussian'
,
{
'mu'
:
0.0
,
'sigma'
:
10.0
})
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'q_vectors'
]
=
(
'spherical_lattice'
,
{
'width'
:
0.1
,
'n_vectors'
:
50
,
'shells'
:
(
0
,
5
,
0.1
)})
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'transmutated_atoms'
]
=
None
parameters
[
'weights'
]
=
'b_coherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dcsf'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_den.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'den'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_discover.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'his_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
parameters
[
'output_file'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'xtd_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'discover'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_disf.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'grouping_level'
]
=
'atom'
parameters
[
'instrument_resolution'
]
=
(
'gaussian'
,
{
'mu'
:
0.0
,
'sigma'
:
10.0
})
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'projection'
]
=
None
parameters
[
'q_vectors'
]
=
(
'spherical_lattice'
,
{
'width'
:
0.1
,
'n_vectors'
:
50
,
'shells'
:
(
0
,
5
,
0.1
)})
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'transmutated_atoms'
]
=
None
parameters
[
'weights'
]
=
'b_incoherent'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'disf'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dl_poly.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_aliases'
]
=
{}
parameters
[
'field_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/DL_Poly/FIELD_cumen'
parameters
[
'history_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/DL_Poly/HISTORY_cumen'
parameters
[
'output_file'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'version'
]
=
'2'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dl_poly'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dmol.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'his_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
parameters
[
'output_file'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'xtd_file'
]
=
'../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dmol'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dos.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'atom_transmutation'
]
=
None
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'grouping_level'
]
=
'atom'
parameters
[
'instrument_resolution'
]
=
(
'gaussian'
,
{
'mu'
:
0.0
,
'sigma'
:
10.0
})
parameters
[
'interpolation_order'
]
=
'no interpolation'
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'projection'
]
=
None
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'weights'
]
=
'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dos'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dp.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'axis'
]
=
'c'
parameters
[
'dr'
]
=
0.01
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'running_mode'
]
=
(
'monoprocessor'
,
1
)
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'transmutated_atoms'
]
=
None
parameters
[
'weights'
]
=
'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'dp'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ecc.py
0 → 100755
View file @
a154add2
#!/usr/bin/python
########################################################
# This is an automatically generated MDANSE run script #
#######################################################
from
MDANSE
import
REGISTRY
################################################################
# Job parameters #
################################################################
parameters
=
{}
parameters
[
'atom_selection'
]
=
'all'
parameters
[
'center_of_mass'
]
=
'all'
parameters
[
'frames'
]
=
(
0
,
10
,
1
)
parameters
[
'output_files'
]
=
(
'/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs'
,
'output'
,
[
'netcdf'
])
parameters
[
'trajectory'
]
=
'../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
parameters
[
'weights'
]
=
'equal'
################################################################
# Setup and run the analysis #
################################################################
job
=
REGISTRY
[
'job'
][
'ecc'
](
status
=
False
)
job
.
run
(
parameters
)
\ No newline at end of file
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