Added MDANSE functional tests for all analysis

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ac.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['axis_selection'] = {'endpoint1': ('OW',), 'endpoint2': ('HW',), 'molecule': 'Water'}
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['per_axis'] = False
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['ac'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_apm.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['axis'] = ['a', 'b']
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['name'] = 'DMPC'
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/dmpc_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['apm'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_btt.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['btt'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_castep.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['castep_file'] = '../../../Data/Trajectories/CASTEP/PBAnew.md'
+parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['castep'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ccf.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
+parameters['normalize'] = False
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['transmutated_atoms'] = None
+parameters['weights'] = 'b_coherent'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['ccf'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_charmm.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['dcd_file'] = '../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.dcd'
+parameters['fold'] = False
+parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['pdb_file'] = '../../../Data/Trajectories/CHARMM/2vb1.pdb'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['charmm'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_cn.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['r_values'] = (0, 10, 1)
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['transmutated_atoms'] = None
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['cn'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_comt.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 1, 1)
+parameters['grouping_level'] = 'atom'
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['comt'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ct.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['ct'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dacf.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_charges'] = {0: 0.5, 1: 1.2, 2: -0.2}
+parameters['atom_selection'] = 'atom_index 0,1,2'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dacf'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dcsf.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['transmutated_atoms'] = None
+parameters['weights'] = 'b_coherent'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dcsf'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_den.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['den'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_discover.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['his_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
+parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['xtd_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['discover'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_disf.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['grouping_level'] = 'atom'
+parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['projection'] = None
+parameters['q_vectors'] = ('spherical_lattice', {'width': 0.1, 'n_vectors': 50, 'shells': (0, 5, 0.1)})
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['transmutated_atoms'] = None
+parameters['weights'] = 'b_incoherent'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['disf'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dl_poly.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_aliases'] = {}
+parameters['field_file'] = '../../../Data/Trajectories/DL_Poly/FIELD_cumen'
+parameters['history_file'] = '../../../Data/Trajectories/DL_Poly/HISTORY_cumen'
+parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['version'] = '2'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dl_poly'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dmol.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['his_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.his'
+parameters['output_file'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['xtd_file'] = '../../../Data/Trajectories/Discover/sushi.xtd'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dmol'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dos.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['atom_transmutation'] = None
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['grouping_level'] = 'atom'
+parameters['instrument_resolution'] = ('gaussian', {'mu': 0.0, 'sigma': 10.0})
+parameters['interpolation_order'] = 'no interpolation'
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['projection'] = None
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['weights'] = 'equal'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dos'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_dp.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['axis'] = 'c'
+parameters['dr'] = 0.01
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['running_mode'] = ('monoprocessor', 1)
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['transmutated_atoms'] = None
+parameters['weights'] = 'equal'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['dp'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file

Tests/FunctionalTests/Jobs/Test_ecc.py

+#!/usr/bin/python
+
+########################################################
+# This is an automatically generated MDANSE run script #
+#######################################################
+
+from MDANSE import REGISTRY
+
+################################################################
+# Job parameters                                               #
+################################################################
+
+parameters = {}
+parameters['atom_selection'] = 'all'
+parameters['center_of_mass'] = 'all'
+parameters['frames'] = (0, 10, 1)
+parameters['output_files'] = ('/users/pellegrini/workspace/MDANSE/Tests/FunctionalTests/Jobs', 'output', ['netcdf'])
+parameters['trajectory'] = '../../../Data/Trajectories/MMTK/waterbox_in_periodic_universe.nc'
+parameters['weights'] = 'equal'
+
+################################################################
+# Setup and run the analysis                                   #
+################################################################
+
+job = REGISTRY['job']['ecc'](status=False)
+job.run(parameters)
\ No newline at end of file